Pokémon Puzzle Challenge é um jogo de Game Boy Color muito parecido com o Pokémon Puzzle League, mas só na jogabilidade porque a história segue os passos do jogo de Pokémon Gold e Silver. Apenas um pokémon luta por vez, os iniciais são Chikorita, Cyndaquil e Totodile, mas Pikachu, Togepi, Maril, Pichu, Bellossom, Sentret, Magby, Elekid, Igglybuff e Cleffa. Este jogo não é compatível com o de Nintendo 64